PhD Theses


Sticky
博士論文リスト
タイトル
氏名
専攻
取得時期
Investigating dissociation process and binding free energy of p53-DBD/DNA complex by PaCS-MD and MSM
SOBEH, Mohamed Marzouk
生命理工学
2022/3
Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics simulation (eePaCS-MD) for investigating protein dynamics
(エッジ拡張型並列カスケード選択分子動力学法(eePaCS-MD)を用いたタンパク質の動的構造探索)
鷹羽 健一郎
物理 (東大)
2020/9
Association and dissociation simulations of bio-molecular complex using parallel cascade selection molecular dynamics
並列カスケード選択分子動力学法による生体分子の会合・解離シミュレーション
TRAN Phuoc Duy
メディカル情報生命 (東大)
2018/3
Actin Stability and Dynamics Investigated by Molecular Dynamics Simulations
アクチン安定性及び動態解析の分子動力学シミュレーション
若井 信彦
情報生命 (東大)
2014/3
Development of molecular simulation methods for efficient conformational sampling of peptides and proteins
ペプチドやタンパク質の効率的立体構造サンプリングを目指した分子シミュレーション法開発
山守 優
情報生命 (東大)
2013/12
Free energy landscape analysis of biomolecules by massive parallel muti-scale simulation
超並列マルチスケールシミュレーションによる生体分子の自由エネルギー地形解析
原田 隆平
物理 (東大)
2011/3
Reduced Ensemble Representation of Biomolecular System
生体分子運動の縮約表現
桜庭 俊
情報生命 (東大)
2010/3
DTA: Dihedral transition analysis for characterizatin of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins
(二面角遷移に基づくタンパク質立体構造変化の解析手法)
二島 渉
情報生命 (東大)
2009/3
Bacterial flagellar filament protein unfolding/refolding mechanisms studied by molecular dynamics simulations
(分子動力学シミュレーションによる細菌べん毛繊維蛋白質のアンフォールディング)
Choon-Peng Chng
情報生命 (東大)
2008/9

Master Theses


修士論文リスト
タイトル
氏名
専攻
取得時期
PaCS-MDによるアクトミオシンの結合解離予測
尾川 拓巳
生命理工学
2022/3
分子動力学計算で探るp53のC 末端部位の DNA 結合機構
平 悠太
生命理工学
2022/3
自然言語処理モデルBERTによるタンパク質の天然変性領域の予測
三栖 涼雅
生命理工学
2022/3
ColDockを応用したクリプティックポケットへのドッキング
木内 龍之介
生命理工学
2022/3
Evaluation of binding affinity for protein-protein complexes by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics/Markov State Model (Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics/Markov State Model によるタンパク質-タンパク質複合体の結合親和性評価)
宮澤 佳希
生命理工学
2021/3
CoLdock : 高濃度リガンド条件での全原子 MDシミュレーョンを用いた蛋白質 -リガンド複合体構造の効率的な探索手法
佐藤 千夏
情報生命 (東大)
2017/3
Theoretical Analysis of a-Actin Stability at High Pressure
若井 信彦
情報生命 (東大)
2011/3
熱運動に基づく単量体タンパク質内部の集団的構造変化の予測
根本 崇正
情報生命 (東大)
2011/3
蛋白質-DNA相互作用における物理学的・生物学的特性の体系的解析
Systematic Analysis on Physical and  Biological Properties of Protein-DNA Interactions
丁 月曦
物理 (東大)
2009/9
ドッキング評価のための結合自由エネルギー計算
原 真佐夫
情報生命(東大)
2009/3
蛋白質-蛋白質結合過程における長距離相互作用の役割
有馬 聡史
情報生命 (東大)
2008/3
Multiscale simulation for biomolecular system using atomistic and coarse-grained models
原田 隆平
物理 (東大)
2008/3
Efficient Umbrella Sampling for Biomolecular System
桜庭 俊
情報生命 (東大)
2007/3