Awards
| 受賞日 | 賞 | 受賞者 |
| 2020/12/15 | 第34回分子シミュレーション討論会学生優秀発表賞 | 宮澤 佳希 |
| 2020/9 | 第58回年会日本生物物理学会年会学生発表賞 | 平 悠太 |
| 2019/9 | 第57回年会日本生物物理学会年会若手招待講演賞 | Tran Phuoc Duy |
| 2016/11/27 | 第54回日本生物物理学会学生発表賞 | Tran Phuoc Duy |
| 2016/11/27 | 第54回日本生物物理学会学生発表賞 | 佐藤 千夏 |
| 2014/12/9 | 第5回CMSI研究会 ポスター賞 | 西原 泰孝 |
| 2014/4/26 | 第14回東京大学生命科学シンポジウム ポスター賞 | 山守 優 |
| 2014/3/19 | 平成25年度東京大学大学院新領域研究科長賞（博士） | 若井 信彦 |
2013/6/13 |
第13回日本蛋白質科学会年会ポスター賞 | 若井 信彦 |
| 2012/11/25 | 第26回分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 | 山守 優 |
| 2012/6/30 | 第12回東京大学生命科学シンポジウム ポスター賞 | 西原 泰孝 |
| 2010/11/25 | 第24回分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 | 原田 隆平 |
| 2010/3/21 | 平成21年度東京大学大学院新領域研究科長賞（博士） | 櫻庭 俊 |
| 2009/12/1 | 第23回分子シミュレーション討論会 学生優秀発表賞 | 櫻庭 俊 |
| 2009/5/28 | 先進的計算基盤システムシンポジウム2009 併設企画 Cell Challenge 2009 規定課題部門第一位 | 櫻庭 俊 |