PhD Theses
タイトル |
氏名 |
専攻 |
取得時期 |
Investigating dissociation process and binding free energy of p53-DBD/DNA complex by PaCS-MD and MSM |
SOBEH, Mohamed Marzouk |
生命理工学 |
2022/3 |
Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics simulation (eePaCS-MD) for investigating protein dynamics （エッジ拡張型並列カスケード選択分子動力学法（eePaCS-MD）を用いたタンパク質の動的構造探索） |
鷹羽 健一郎 |
物理 (東大) |
2020/9 |
Association and dissociation simulations of bio-molecular complex using parallel cascade selection molecular dynamics 並列カスケード選択分子動力学法による生体分子の会合・解離シミュレーション |
TRAN Phuoc Duy |
メディカル情報生命 (東大) |
2018/3 |
Actin Stability and Dynamics Investigated by Molecular Dynamics Simulations アクチン安定性及び動態解析の分子動力学シミュレーション |
若井 信彦 |
情報生命 (東大) |
2014/3 |
Development of molecular simulation methods for efficient
conformational sampling of peptides and proteins ペプチドやタンパク質の効率的立体構造サンプリングを目指した分子シミュレーション法開発 |
山守 優 |
情報生命 (東大) |
2013/12 |
Free energy landscape analysis of biomolecules by massive parallel muti-scale simulation 超並列マルチスケールシミュレーションによる生体分子の自由エネルギー地形解析 |
原田 隆平
|
物理 (東大) |
2011/3 |
Reduced Ensemble Representation of Biomolecular System 生体分子運動の縮約表現 |
桜庭 俊
|
情報生命 (東大) |
2010/3 |
DTA: Dihedral transition analysis for characterizatin of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (二面角遷移に基づくタンパク質立体構造変化の解析手法） |
二島 渉 |
情報生命 (東大) |
2009/3 |
Bacterial flagellar filament protein unfolding/refolding mechanisms studied by molecular dynamics simulations (分子動力学シミュレーションによる細菌べん毛繊維蛋白質のアンフォールディング) |
Choon-Peng Chng |
情報生命 (東大) |
2008/9 |
Master Theses
タイトル |
氏名 |
専攻 |
取得時期 |
揺動散逸定理を応用した分子動力学計算によるタンパク質の構造探索
|
生澤 真司 |
生命理工学 |
2024/3 |
Molecular Dynamics investigation of binding affinities between amino acids and taste receptor
|
NGUYEN, Thai Hao |
生命理工学 |
2023/9 |
Exploring Binding Interactions: Comparative Molecular Dynamics Study of PILRα Complexed with Distinct Glycoprotein B Fragments
|
CHU, Ting-Yi |
生命理工学 |
2023/9 |
分子動力学計算で観察されるタンパク質の二面角遷移の解析
|
吉岡 美月 |
生命理工学 |
2023/3 |
並列カスケード選択分子動力学法を用いた抗がん薬標的分子の解離過程解析
|
中矢 光 |
生命理工学 |
2023/3 |
高速原子間力顕微鏡と分子動力学を利用したFlhAcの全原子構造の解析
|
大沢 陸輝 |
生命理工学 |
2023/3 |
Dissociation Process of Candida rugosa Lipase Investigated by Advanced Molecular Simulation
|
Darin Flamandita |
生命理工学 |
2022/9 |
PaCS-MDによるアクトミオシンの結合解離予測
|
尾川 拓巳 |
生命理工学 |
2022/3 |
分子動力学計算で探るp53のC 末端部位の DNA 結合機構
|
平 悠太 |
生命理工学 |
2022/3 |
自然言語処理モデルBERTによるタンパク質の天然変性領域の予測
|
三栖 涼雅 |
生命理工学 |
2022/3 |
ColDockを応用したクリプティックポケットへのドッキング
|
木内 龍之介 |
生命理工学 |
2022/3 |
Dynamics of Close-Open State of Candida antarctica Lipase B in Water and on Hydrophobic Interface Obtained by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics Simulation and The Markov State Model
|
Tegar Nurwahyu Wijaya |
生命理工学 |
2021/9 |
Evaluation of binding affinity for protein-protein complexes by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics/Markov State Model
（Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics/Markov State Model によるタンパク質－タンパク質複合体の結合親和性評価）
|
宮澤 佳希 |
生命理工学 |
2021/3 |
CoLdock : 高濃度リガンド条件での全原子 MDシミュレーョンを用いた蛋白質 －リガンド複合体構造の効率的な探索手法
|
佐藤 千夏 |
情報生命 (東大) |
2017/3 |
Theoretical Analysis of a-Actin Stability at High Pressure
|
若井 信彦 |
情報生命 (東大) |
2011/3 |
熱運動に基づく単量体タンパク質内部の集団的構造変化の予測
|
根本 崇正 |
情報生命 (東大) |
2011/3 |
蛋白質－DNA相互作用における物理学的・生物学的特性の体系的解析 Systematic Analysis on Physical and Biological Properties of Protein-DNA Interactions |
丁 月曦 |
物理 (東大) |
2009/9 |
ドッキング評価のための結合自由エネルギー計算
|
原 真佐夫 |
情報生命(東大) |
2009/3 |
蛋白質-蛋白質結合過程における長距離相互作用の役割
|
有馬 聡史 |
情報生命 (東大) |
2008/3 |
Multiscale simulation for biomolecular system using atomistic and coarse-grained models |
原田 隆平 |
物理 (東大) |
2008/3 |
Efficient Umbrella Sampling for Biomolecular System |
桜庭 俊 |
情報生命 (東大) |
2007/3 |